L'origine du mouvement qui a mené à la création de la Conférence des Eglises Européennes remonte à la période de la "guerre froide". L'Europe déchirée et divisée des années 1940 et 1950 avait besoin de surmonter les divisions politiques pour pouvoir à nouveau se consacrer aux destinées des peuples meurtris par la Seconde Guerre Mondiale.

A cette époque, un petit groupe de responsables d'Eglises de l'Europe de l'Est et de l'Ouest ont commencé à réfléchir à la possibilité d'établir le dialogue entre Eglises de pays européens séparés par des systèmes politiques, économiques et sociaux différents. Leur but était d'aider les Eglises d'Europe à devenir des instruments de paix et de compréhension.

Des rencontres exploratoires et préparatoires eurent lieu en 1953 et 1957. En janvier 1958, des représentants de plus de 40 Eglises se sont réunis à Nyborg Strand (Danemark) pour la première Assemblée de la KEK. Une deuxième Assemblée eut lieu en 1960 et une troisième en 1962, toutes deux à Nyborg.

Au départ, l'organisation était une simple association d'Eglises, mais par l'adoption d'une Constitution par l'Assemblée de 1964 un pas significatif fut franchi sur la voie de la formation d'une conférence régionale d'Eglises. Cette Assemblée eut lieu en mer, à bord du navire "Bornholm", afin de surmonter les problèmes de visa surgis en dernière minute.

La cinquième Assemblée, réunie à Pörtschach, Autriche, en 1967, créa un secrétariat à plein-temps à partir d'avril 1968. Les assemblées suivantes se tinrent à Nyborg Strand, Danemark (1971), à Engelberg, Suisse (1974), à Chania, Crète (1979), à Stirling, Ecosse (1986), à Prague, FRTS en 1992, au cours de laquelle une version révisée de la Constitution a été adoptée, à Graz, Autriche (1997) et à Trondheim, Norvège (2003).

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